| Meno: | Peter
|
|---|
| Priezvisko: | Kováč
|
|---|
| Názov: | Implementácia externých zdrojov dát v hľadaní génov
|
|---|
| Vedúci: | Mgr. Bronislava Brejová, PhD.
|
|---|
| Rok: | 2010
|
|---|
| Kľúčové slová: | gén, hľadanie génov, skrytý Markovov model, ExonHunter
|
|---|
| Abstrakt: | Hľadanie (predikcia) génov v DNA sekvenciách je jedným zo základných
problémov bioinformatiky. Problém sa často rieši Viterbiho algoritmom na
skrytých Markovových modeloch (HMM). Pri hľadaní génov sa využívajú
aj externé dáta - EST sekvencie, proteínové sekvencie, zarovnania viacerých
DNA sekvencií a iné.
Program ExonHunter okrem HMM obsahuje aj mechanizmus na spraco-
vanie externých dát. Pôvodné implementácie zahrnutia EST a proteínových
sekvencií do predikcie nevyhovovali kvôli dlhému času spracovania. Programy
zodpovedajúce za spracovanie sme preto vymenili za potenciálne rýchlejšie.
Upravený program sme testovali na DNA sekvenciách mušky Drosophila
melanogaster. V prípade EST sekvencií sa nám podarilo dosiahnuť zlepšenie
času za cenu mierneho zhoršenia presnosti predikcie. V prípade proteínových
sekvencií sme zlepšili aj čas aj presnosť. Porovnanie s inými programami
ukázalo, že ExonHunter je dobrý hlavne pri predikciách s využitím externých
informácií.
|
|---|