| Meno: | Ladislav
|
|---|
| Priezvisko: | Rampášek
|
|---|
| Názov: | RNA motif search in genomic sequences
|
|---|
| Vedúci: | Mgr. Tomáš Vinař, PhD.
|
|---|
| Rok: | 2010
|
|---|
| Kľúčové slová: | RNAMot2, RNA motif search, dynamic programming, RNABob, RNAMot, insertions, deletions, elements
|
|---|
| Abstrakt: | Hlavným cieľom tejto práce bolo vyvinúť nástroj na vyhľadávanie RNA motívov, ktorý by umožňoval vyhľadávať motívy s povolenými chybami ako sú inzercie a delécie popri chybách ako nezhoda v primárnej sekvencií a chyba komplementarity v sekundárnej sekvencií, ktoré umožňujú súčasné nástroje (napr. RNABob). Táto práca bola motivovaná praktickou potrebou biochemika M.S. Andreja Luptáka PhD. z University of California at Irvine, ktorý používa RNA vyhľadávacie nástroje pri hľadaní nových RNA génov so špecifickou funkcionalitou.
Pre zvládnutie problematiky inzercií a delécií pri vyhľadávaní RNA motívov sme vyvinuli nový nástroj RNAMot2, ktorému sa venujeme vo väčšine tejto práce. Algoritmus implementovaný v RNAMot2 pozostáva z dvoch základných častí. Prvou časťou je algoritmus na vyhľadávanie výskytov štrukturálnych elementov daného RNA motívu, ktorý je založený na dynamickom programovaní. Druhou časťou je backtracking algoritmus použitý v už existujúcom nástroji RNAMot, ktorý slúži na skladanie jednotlivých výskytov elementov do výskytu celého motívu. Formát deskriptoru pre náš RNAMot2 je odvodený od formátu používaného programom RNABob, ktorý sme doplnili o možnosť povoliť inzercie v sekvenciách štrukturálnych elementov daného motívu.
|
|---|