| Meno: | Andrej
|
|---|
| Priezvisko: | Ridzik
|
|---|
| Názov: | Použitie komparatívnej informácie pri hľadaní génov
|
|---|
| Vedúci: | Mgr. Bronislava Brejová, PhD.
|
|---|
| Rok: | 2011
|
|---|
| Kľúčové slová: | gén, zarovnanie, anotácia DNA, skrytý Markovov model, ExonHunter, externá informácia
|
|---|
| Abstrakt: | Jedným zo základných problémov bioinformatiky je hľadanie (predikcia) génov v DNA sekvenciách. Tento problém je bežne riešený Viterbiho algoritmom na skrytých Markovových modeloch (HMM). Pri hľadaní génov sa často využívajú aj externé dáta - EST sekvencie, proteínové sekvencie, viacnásobné zarovnania DNA sekvencií a iné, ktoré môžu pri predikcii výrazne pomôcť.
Program ExonHunter okrem implementácie HMM obsahuje aj mechanizmus na spracovanie externých dát. Pôvodné implementácie nevyužívali možnosť využitia informácie z viacnásobných celogenómových zarovnaní, ktoré sme sa rozhodli do programu ExonHunter doplniť.
Upravený program s modulom, ktorý zabezpečuje využitie informácie zo zarovnaní, sme testovali na sade DNA sekvencií octovej mušky Drosophila melanogaster. Z dôvodu použitia jednoduchej skórovacej matice sa nám nepodarilo zaznamenať zlepšenie presnosti predikcie testovaných sekvencií. Predpokladáme však, že s použitím lepších matíc vytváraných známymi postupmi z literatúry dôjde k zlepšeniu presnosti a náš modul bude v budúcnosti slúžiť ako užitočná súčasť programu na hľadanie génov - ExonHunter.
|
|---|