| Meno: | Angelika
|
|---|
| Priezvisko: | Fedáková
|
|---|
| Názov: | Využitie reťazcových grafov pri hľadaní chýb v genómoch
|
|---|
| Vedúci: | doc. Mgr. Bronislava Brejová, PhD.
|
|---|
| Rok: | 2020
|
|---|
| Kľúčové slová: | dlhé čítania, de Bruijnov graf, hľadanie chýb
|
|---|
| Abstrakt: | Sekvencie DNA zostavované dostupnými bioinformatickými nástrojmi obsahujú veľké
množstvo chýb. Cieľom našej práce bolo preskúmať možnosť využitia dlhých čítaní a reťazcového grafu na hľadanie chýb v zostavených sekvenciách. Po detailnejšom návrhu myšlienky nášho algoritmu sme vytvorili softvér, ktorý hľadá chyby pomocou zarovnania skúmanej sekvencie a dlhých čítaní ku kompaktovanému de Bruijnovmu grafu. Po využití nášho softvéru na reálnych biologických dátach sme nájdené chyby ďalej skúmali, pričom sme navrhli metódu ohodnotenia presnosti a úplnosti našich výsledkov. Našli sme aj ďalšie možnosti filtrovania chýb, ktoré zvýšili kvalitu našich výsledkov. Na záver sme porovnali naše výsledky s existujúcim softvérom na opravu chýb a navrhli sme ďalšie možnosti vylepšenia a rozšírenia nášho softvéru.
|
|---|