Meno: | Veronika |
---|---|
Priezvisko: | Tordová |
Názov: | Databáza variantov v genóme viniča |
Vedúci: | doc. Mgr. Bronislava Brejová, PhD. |
Rok: | 2021 |
Kľúčové slová: | genetický variant, databáza variantov, vinič, Vitis vinifera ssp. sylvestris |
Abstrakt: | Vinič patrí z globálneho hľadiska medzi dôležité poľnohospodárske plodiny. V našej práci sme sa zamerali na skúmanie genetických variantov viniča. Genetické varianty sú dôležité v šľachtiteľstve či skúmaní evolučných vzťahov. Vytvorili sme súhrnnú databázu genetických variantov väčšieho počtu vzoriek pochádzajúcich z verejných databáz aj zatiaľ nepublikovaných dát zo Slovenska. Databázu sme uložili v štandardizovanom formáte VCF na ukladanie variantov. Zamerali sme sa na divo rastúci poddruh Vitis vinifera ssp. sylvestris a vyšľachtené odrody. Na vytvorenie databázy variantov sme použili nami vytvorený a otestovaný bioinformatický postup, ktorý je automatizovaný v systéme Snakemake. Zahŕňa kroky predspracovania sekvenačných dát, zarovnania čítaní a hľadania variantov. Nájdené varianty sme ďalej analyzovali pomocou rôznych metód. Sústredili sme sa najmä na porovnanie vzoriek zo Slovenska voči ostatným skúmaným vzorkám. Výsledky naznačujú relatívne vysokú homogenitu v rámci skupiny slovenských vzoriek V. vinifera ssp. sylvestris a taktiež potencionálnu príbuznosť týchto vzoriek k ďalším európskym vzorkám divo rastúceho druhu V. vinifera ssp. sylvestris. |
Súbory bakalárskej práce:
Autor nedal súhlas so zverejnením svojej bakalárskej práce.
Súbory prezentácie na obhajobe:
obhajoba.pdf |