| Abstrakt: | Funkcia proteínu je podmienená jeho trojrozmerným usporiadaním. Evolučné adaptá- cie na zmeny prostredia však môžu ovplyvniť jeho biochemické vlastnosti. To, ktoré pozície v proteíne sa na týchto adaptáciách podieľajú, len zo samotnej trojrozmernej štruktúry proteínu zistiť nedokážeme. Je preto dôležité skúmať samotné zloženie pro- teínu a snažiť sa zistiť, aké iné, neintuitívne subštruktúry tieto zmeny podmieňujú. V našej práci sme na zamerali na hľadanie takzvaných proteínových sektorov, ktoré sú tvorené spolupracujúcimi a vzájomne sa ovplyvňujúcimi pozíciami. Na ich štúdium sme použili dva bioinformatické nástroje: (1) štatistickú analýzu prepojení a (2) analýzu GREMLIN (z angl. Generative regularized models of proteins) na predikciu kontaktov aminokyselín v trojrozmernej štruktúre proteínu. Metódy sme aplikovali na proteín poly (ADP-ribóza) polymeráza, ktorý zohráva dôležitú úlohu pre život bunky, pričom bol len nedávno objavený u kvasiniek. Výsledky zahŕňali identifikáciu dvojíc pozícií, ktoré na seba vzájomne pôsobia, následnú lokalizáciu a určenie rozmiestnenia proteínových sektorov v rámci pozorovaného proteínu.
|
|---|