Meno:Olívia
Priezvisko:Kreutzová
Názov:Verifikácia a optimalizácia metódy na identifikáciu centromerických lokusov v genómových sekvenciách kvasiniek
Vedúci:prof. RNDr. Jozef Nosek, DrSc.
Rok:2023
Kľúčové slová:centroméra, GC3 metóda, genómová sekvencia, chromozóm, kvasinka
Abstrakt:Centroméry hrajú kľúčovú úlohu v bunkovom delení. Miera rekombinácie v tejto oblasti chromozómov býva potlačená, čo ovplyvňuje zastúpenie nukleotidov v sekvencii DNA. Obsah guanínu a cytozínu na tretích pozíciách kodónov (GC3), ktorý vo väčšine organizmov koreluje s mierou rekombinácie, varíruje pozdĺž chromozómu. GC3 metóda na základe nukleotidového zastúpenia pozdĺž chromozómov predikuje centromerické lokusy pre jednotlivé chromozómy a mapuje ho na oblasť s výrazným poklesom zastúpenia GC3. Na identifikáciu centromerickej oblasti sme v tejto práci implementovali metódu GC3 v Python skripte a overili jeho funkčnosť na genómových sekvenciách kvasiniek, pre ktoré je už pozícia centroméry známa a experimentálne overená. Následne sme optimalizovali parametre, pričom sme zistili, že veľkosť zvoleného okna ovplyvňuje predikciu centromerického lokusu, no vplyv vylúčenia niektorých kodónov naň je malý. Metódu sme aplikovali aj na genómové sekvencie kvasiniek, pre ktoré doposiaľ nebola centromerická oblasť predikovaná, napríklad Candida auris alebo Candida parapsilosis, kde sa nám podarilo centromerický lokus nájsť. Zároveň sme overili, že GC3 metóda nie je univerzálne použiteľná pre genómové sekvencie všetkých druhov kvasiniek, napríklad Schizosaccharomyces pombe, kde centroméra nebola v profiloch GC3 viditeľná. Táto bioinformatická metóda dokáže urýchliť a uľahčiť identifikáciu a analýzu centromér v chromozómoch.

Súbory bakalárskej práce:

praca-18.pdf
gc3method.tar.gz

Súbory prezentácie na obhajobe:

Upraviť