| Meno: | Monika |
|---|---|
| Priezvisko: | Jankechová |
| Názov: | Charakteristika črevnej mikroflóry u laboratórnych zvierat pomocou sekvenovania tretej generácie |
| Vedúci: | Mgr. Barbora Konečná, PhD. |
| Rok: | 2023 |
| Kľúčové slová: | črevný mikrobióm, odpadová voda, antibiotiká, wf-metagenomics, Dorado, Kraken 2, sekvenovanie tretej generácie |
| Abstrakt: | Črevný mikrobióm organizmov obsahuje vysoké množstvo mikroorganizmov, ktoré ovplyvňujú fungovanie jedinca. Na identifikáciu mikrobiálnych spoločenstiev je možné použiť mnoho rôznych nástrojov a softvérov. V tejto práci sme využili sekvenovanie tretej generácie spolu s basecallerom Dorado a workflowmi Oxford Nanopore Technologies. Dospeli sme k záveru, že tieto nástroje sú vhodné na identifikáciu mikrobiálnych spoločenstiev. Basecaller Dorado produkuje kvalitné čítania porovnateľné s už zaužívaným basecallerom pre Oxford Nanopore čítania - Guppy. Workflow wf-metagenomics využívajúci nástroj Kraken 2 a Bracken poskytuje kvalitnú identifikáciu taxónov prítomných vo vzorkách. Cieľom tejto práce bolo zistiť, ako užívanie antibiotík alebo odpadovej vody dokáže ovplyvniť zastúpenie mikroorganizmov v črevách a tým narušiť správne fungovanie jedinca. Pomocou experimentálnych modelov s laboratórnymi zvieratami sme zistili, že antibiotiká znižujú diverzitu črevnej mikroflóry u myší a odpadová voda výrazne mení zastúpenie jednotlivých druhov mikroorganimov v črevách u potkanov. Po užívaní odpadovej vody sa výrazne zvyšuje zastúpenie baktérií kmeňa Firmicutes. Mierny nárast hojnosti bol pozorovaný aj u kmeňov Bacteroidota, Proteobateria a Actinobacteria. |
Súbory bakalárskej práce:
| main.pdf |
Súbory prezentácie na obhajobe: