| Abstrakt: | Navrhli sme algoritmus na zarovnávanie sekvencií s opakujúcimi sa motívmi. Práca je motivovaná biologickými štúdiami o zinc finger proteínoch, dôležitej rodine regulačných proteínov. Evolučné procesy spôsobili, že tieto sekvencie obsahujú rôzne počty zinc finger motívov (krátych podslov so špecifickými symbolmi na každej pozícii). Náš algoritmus využíva dva typy skrytých markovovských modelov (HMM): párové HMM a profilové HMM. Dynamické programovanie, ktorým počítame zarovnania, je založené na známom Viterbiho algoritme. Model sme vyhodnocovali na reálnych dátach a dosiahli sme lepšie výsledky ako existujúce riešenie.
|
|---|